바이오 디젤은 페식용유나 유채꽃, 콩 등에서 식물기름을 추출해 경유자동차의 연료로 사용하는 것을 말합니다.  바이오디젤은 일산화탄소, 질소산화물, 미세먼지, 이산화탄소의 배출량을 10~35% 감축 시킬 수 있어 기후변화협약에 대처하는 외에 고유가 시대의 대안으로서 관심이 고조되고 있습니다.

바이오 디젤은 지난 2002년 11월부터 정부의 지원아래  BD20(바이오디젤 20%, 경유 80%의 혼합) 제품이 시범 보급되고 있으며, 내년 이후에는 BD5 (바이오디젤 5%, 경유 95%) 제품이 보급될 예정으로 있습니다.

바이오 디젤은 석유에 비해 환경친화적이고, 지속 생산이 가능하다는 점에서 호의적인 평가를 얻고 있습니다. 그러나 바이오 연료가 자칫 석유의 모든 단점을 극복· 해결하는 `구원의 연료`로 과대포장되는 것은 경계하여야 할 것입니다. 실용화· 상용화를 위해서는 아직 해결해야 할 과제가 많기 때문입니다. 

① 바이오디젤의 제조원가는 경유보다 비쌉니다.

따라서 바이오 연료는 국제 유가가 50달러 이상일 경우에야 경제성이 있다는 분석입니다. 현재 바이오 디젤이 경유에 비해 가격 경쟁력이 있는 것은  부가세를 제외한 세금이 부과되지 않는 배려 때문인 것입니다.  바이오디젤은 원료로 쓰이는 콩을 전량 수입에 의존하고 있는 바, 수입원유를 대체하는 연료라는 말이 무색하며, 수입 원료로 만든 연료에 세금을 부과하지 않는 형평성의 문제점을 안고 있습니다

② 품질상으로 아직 완전한 검증이 이뤄지지 않은 상태입니다.

순수 경유에 비해 연비가 약 4~5% 정도 떨어지는 외에 운행중 시동꺼짐 현상이 아직 해결되지 않고 있습니다.  바이오디젤은 애초 인라인 연료분사펌프를 쓰는 버스나 트럭, 건설기계 등에 보급됐으나 일반 경유차로 보급이 확대되자 커먼레일 엔진 차량 가운데 운행 중 시동이 꺼짐 현상이 보고 되고 있습니다. 또한 저온 유동성이 열악해 동절기에 경유보다 쉽게 얼고 생산공정의 부산물인 글리세린이 엔진을 마모시킬 수 있습니다.